Lipp kingiti koolile 17. märtsil 1951 kooli 6. aastapäeva tähistamisel lastevanemate, Eesti Komitee ja Eesti Komitee naissektsiooni ühisel ettevõtmisel.
Lipu kavandi valmistas kunstnik Axel Roosmann, lipu õmbles lapsevanem Selma Nõu, lipuvarda valmistas L. Arg ja kooli nimetähtedest koosneva metallotsa valmistas A. Pastarus. Lipp on siidist ja kahe küljega, esiküljel on rahvusvärvid sini-must-valge ja tagaküljel hallil põhjal kooli nimetähed „EAS“ stiliseeritud tammelehtedel.
Lipu andis koolile üle Hoolekogu esimees Edmund Pratka ja lipu õnnistas peapiiskop Johan Kõpp.
1995. aasta 6. juuni pidulikul kogunemisel Skansenis seoses Rootsi rahvuspühaga kinkis Rootsi kuningas Carl XVI Gustaf Rootsi lipu Eesti Koolile kooli 50. juubeli puhul. Sama aasta septembris, olles riigivisiidil Rootsis ja külastades Eesti Kooli, kinkis Eesti president Lennart Meri Eesti lipu koolile.
4. juunil 2017 Eesti lipupäeva tseremoonial Tallinnas Toompeal, andis president Kersti Kaljulaid üle uue Eesti lipu Eesti Koolile. 2018. a veebruaris õnnistas kirikuõpetaja Tiit Pädam lipu Stockholmi Jakobi kirikus (pildil).
